30 MBS市場の発達にはエージェンシーと呼ばれる、政府機関(ジニー・メイ:Ginnie Mae)及び連邦住宅金融抵当公庫(フレディー・マック:Freddie Mac)、連邦抵当金庫(ファニー・メイ:Fannie Mae)といった政府支援機関(GSEs)が果たしている役割が大きい。ジニー・メイは、民間金融機関が発行したMBSに政府保証を付与する役割を果たしている。一方のフレディー・マック、ファニー・メイは自らMBSの発行を行い、同時に元本・利払いについて自ら保証している。さらに、GSEsは自ら発行した債券の購入、運用も行っており、その市場シェアを拡大させつつある。このように民間の金融機関に比べリスク面、税金面等において格段に有利な条件を政府から付与されていることから、近年、公正な競争を損ない、民業を圧迫するものとして、批判が高まっている。